Minaresinin üzerindeki 936/1530 tarihli kitabeden Diyarbakırlı Kasap Hacı Hüseyin adlı bir şahsın bu kısmı yaptırdığı anlaşılsa da ana binanın kimin tarafından yapıldığı kesin olarak bilinmemektedir.
Fakat taş örtülü tek kubbeli caminin, 15. yüzyıl Akkoyunlu eseri olduğu tahmin edilmektedir. 16. yüzyılda bazı değişimler geçirmiştir. Minaresinde bulunan kitâbelerin birçoğunda Muhammed'in sözleri "kāle'n-nebî" ifadesiyle nakledildiğinden yapıya Nebî Camii, Peygamber Camii veya Câmiu'n-nebî denilmiştir. Kaynaklara göre Camii ilk yapıldığı dönemlerde çok geniş bir alanı üzerine yapılmıştır. Önceleri Hanefiler ve Şafiiler bölümü diye iki kısımdan oluşuyorken günümüzde caminin bulunduğu bina Şafiilere aittir. I.Dünya Savaşı sırasında Hanefilere ayrılan kısmı kışla olarak kullanılmış ve bu nedenle bu bölümün çinileri ve diğer bölgeleri tahrip olmuştur.
1927'de Hanefilere ait bölüm tamamen çökmüş ve 1955'te bu bölümle minare belediye tarafından yıktırılarak o sırada genişletilen Gazi Caddesi'ne katılmıştır. Aynı yıl minare, giriş kapısının yanından kaldırılarak bugün olduğu konuma yerleştirilmiş ve cami bugün göründüğü haline getirilmiştir. 1960'ta Vakıflar Genel Müdürlüğünce kalan diğer kısımlar onarılmış ve minare bugünkü yerine yeniden inşa edilmiştir. Ayrıca minareye bitişik, kemerli bir kapısı olan avlusu ile bunun doğu yönünde ufak dükkânlar, kuzey yönünde de bir bölümü günümüzde mevcut olan medresesi vardı.
Nebî Camii, Diyarbakır'ın özelliği olan siyah bazalt taşından yapılmış ve son cemaat yeri cephesinden ve minaresinde bir sıra beyaz, bir sıra siyah bazalt taşı ile değişik bir yol denenmiş ve tek düzen görünüş engellenmiştir. Altı destekli plan düzeninde inşa edilmiştir. Nebi Camii son cemaat yerinde sütunlar silindirik gövdeli, sütun başlıkları ise kenarları pahlanarak kesik piramit şekle dönüşmüştür.
Revak sivri kemerleri oluk ve kaval silmelerle çevrelenerek vurgulanmıştır.Hanefiler kısmı Şafiiler bölümünün doğusunda yer almakla ve enine dikdörtgen planlı, dört sahanlı, ayaklı ve kemerli bir plan şemasına sahipken Şafiiler kısmı plan ve mimari açısından enine dikdörtgen planlı ve kubbeyle örtülmüştür.
Caminin minaresi dört köşe ve süslü kitabelerle çevrilidir. Tek katlı inşa edilmiş olan yapı, avluya bakan kuzey cephesinden tek kapıyla dışarıya açılmaktadır. Ayrıca tüm cephelerde ikişer olmak üzere toplam sekiz pencere açıklığı bulunmaktadır. Giriş kapısının üstünde yer alan müezzin mahfiline, doğu yönündeki pencereden ulaşılmaktadır.
